Son église est placée, à 750 mètres d’altitude, au sommet d’une montagne granitique, en forme de cône, qui forme au monument un piédestal tout à fait remarquable.
Cette église romane fut bâtie vers la fin du XIIè siècle, sur le tombeau du saint dont elle porte le nom et qui était le centre d’un pèlerinage important. Une famille féodale dut contribuer à sa construction, qui fut l’œuvre d’un prieuré.
C’est un bijou architectural de l’Auvergne.

Tous les chapiteaux de Saint-Nectaire, moins deux qui sont doriques, ont la forme corinthienne, avec les modifications romanes. Le tailloir d’un assez grand nombre se compose de deux abaques : l’une mince, à face concaves, à peu près corinthienne ; l’autre carrée, chanfreinée, beaucoup plus épaisse, très saillante, qui ne rappelle en rien le tailloir corinthien. Les autres ont la seule abaque romane.
Dans la corbeille, les artistes romans n’ont pas toujours mis des feuilles d’acanthe : très souvent ils les ont remplacées par des feuilles de nénuphar, diversement interprétées ; par des figures d’animaux réelles ou fantastiques, et par des personnages représentant des scènes de l’Ancien et du Nouveau Testament. Deux chapiteaux ont, dans leur corbeille, des ornements qui font penser au nom de cette partie du chapiteau qu’ils décorent : ce sont des ornements nattés, c'est-à-dire des tissus de corbeille.
La plupart de nos chapiteaux ont un souvenir de la rose corinthienne. Sur les uns, la rose est sculptée, épanouie ; sur d’autres, en assez grand nombre, elle n’est qu’épannelée ; enfin sur quelques-uns, elle est absente ou bien elle a été remplacée par une feuille, un fruit ou même une figurine.
Les chapiteaux historiés, où des personnages ont pris la place des feuilles d’acanthe, sont au nombre de vingt-deux, en comprenant dans ce chiffre trois chapiteaux où les personnages sont des oiseaux symboliques.
Les chapiteaux de Saint-Nectaire forment un vrai cours de religion, qui comprend des leçons tirées de l’Ancien et du nouveau Testament, de la vie des saints et de la morale chrétienne. Pour satisfaire la logique, on serait tenté d’expliquer d’abord les leçons de l’Ancien Testament, puis celles du Nouveau, et de passer ensuite à la vie des saints et à la morale chrétienne. Mais, outre que cette méthode demanderait aux visiteurs, qui voudraient suivre ces explications dans l’église, quantité de voyages fatigants et fastidieux, elle mettrait de l’ordre où les artistes du moyen âge n’en n’ont point mis et par conséquence point voulu. Car en fait d’ordre, dans la distribution des chapiteaux, ont remarque seulement les plus beaux, les mieux traités, ont été réservés aux colonnes du sanctuaire. Ils forment là, autour de la tête du Christ symbolisée par le sanctuaire, une couronne de sculptures, parallèle à celle des chapelles absidales. Aussi bien la plupart parlent du Christ, les uns de sa vie publique, de sa vie souffrante, et les autres, de sa vie ressuscitée, triomphante et glorieuse.
Quarante chapiteaux sont peints, grands ou petits, historiés ou à feuillage, vingt-six sont peints complètement et quatorze portent seulement des traces plus ou moins considérables de peinture. A notre connaissance, ces peintures ont exercé la sagacité d’un certain nombre de visiteurs, très compétents en la matière.  Ils sont repartis convaincus, les uns, qu’elles sont contemporaines de l’église, les autres, qu’elles sont du XIVè siècle, et d’autres, de plusieurs dates. Ce qui paraît certain, c’est qu’il est bien difficile de dire leur âge. Quoi qu’il en soit, elles semblent avoir été appliquées avec un certain art : les chapiteaux qu’elles recouvrent sont plus expressifs et leurs détails ressortent mieux. Il est même un détail qui n’est dû qu’à la peinture, c’est la couleur apocalyptique du cheval de l’Ange Exterminateur, au dixième chapiteau : « Et ecce equus pallidus : et voici un cheval pâle ». Toutefois, ces peintures reproduisent l’Evangile moins fidèlement que les sculptures. Nous en avons une preuve au sixième chapiteau. L’Evangile dit de l’ange qui roula la pierre du tombeau et s’assit dessus, que ses vêtements étaient blancs comme la neige. Or, dans ce chapiteau, c’est en vert que ces vêtements ont été peints.
Quelle que soit l’opinion que l’on embrasse sur l’âge précis et la valeur artistique de ces peintures, elles sont antiques, et ce serait sacrilège que d’y toucher.